2009-05-29
遺伝子名称シソーラス
様々な表記で表される遺伝子名称が整理されています。SwissProt IDとEntrez Gene IDも付加されています。しかし、なじみ深い遺伝子名はOfficial Gene Symbolじゃなかったりするのですよね...。統合データベースプロジェクトでサービスしています(II-1.1 遺伝子名称シソーラス)。
2009-04-14
シェルループ:いまさらTips備忘録
seq コマンドで連番を生成できる。
1から2000までの連番。
seq 1 2000
刻み幅も指定可。
seq 10 5 100
など...。
ループにつかえる。
for n in `seq 1 10000`
do
hoge
done
1から2000までの連番。
seq 1 2000
刻み幅も指定可。
seq 10 5 100
など...。
ループにつかえる。
for n in `seq 1 10000`
do
hoge
done
2009-03-12
Network Garally
生物に限らず、様々な事象がネットワークで表現される。自然界/社会に存在するネットワークはとても印象的です。visual complexityはそんなネットワークが集められているサイトです。
脳の神経回路網のモデル。

脳の神経回路網のモデル。

2009-03-09
ID変換
バイオロジでは様々なデータを扱います。遺伝子/タンパク質、それらの配列、プローブ、立体構造...。各々はデータベース化され、特有のIDで管理されています。ひとつのテーマに対して、多角的に解析を行う場合、各種情報を統合的に扱う必要があり、IDの相互変換は避けては通れません。ただ、概念的には繋がる情報もexactに1対1で扱えるわけではありません。解析時は複数のテーブルをスクリプトでつなげていくわけですが、こういった作業のためのベースとなるデータベースが存在します。よく使うものをいくつか...。
スペイン製:
Clone/Gene ID Converter
これはcitationできます。
Alibés A, Yankilevich P, Cañada A, Díaz-Uriarte R.
IDconverter and IDClight: conversion and annotation of gene and protein IDs.
BMC Bioinformatics. 2007 Jan 10;8:9. PMID: 17214880
日本製:
ID一括変換システム
便利です。ありがたや。
スペイン製:
Clone/Gene ID Converter
これはcitationできます。
Alibés A, Yankilevich P, Cañada A, Díaz-Uriarte R.
IDconverter and IDClight: conversion and annotation of gene and protein IDs.
BMC Bioinformatics. 2007 Jan 10;8:9. PMID: 17214880
日本製:
ID一括変換システム
便利です。ありがたや。


