バイオマーカー候補

タンパク質のがんマーカーに関する興味深いレポート。

A List of Candidate Cancer Biomarkers for Targeted Proteomics
Malu Polanski and N. Leigh Anderson Biomarker Insights 2: 1-48 (2006)

がんのバイオマーカー開発が始まっておよそ160年間でFDA承認を得たものは、9つしかない。特に近年のオミクス解析技術によりがんのバイオマーカー候補は数多と報告されているが、その臨床的評価は十分とはいえない。筆者らはPubMedのキュレーションにより1261のタンパク質をがんマーカー候補としてリストしている。それらの候補タンパク質群に対して、引用の状況やabundnce、GeneOntologyの全タンパクとの分布の違いを検討しています。GOの解析はそれほど明確な結果にはなっていませんが、Biological Processではapoptosis, cell cycle, proliferation関連タンパクがマーカー候補で増加し、metabolism, catabolism, transport proteinsが減少しているとしています。まあ、それらしいですね。Cellular Componentではやはりextracellularが明らかにマーカー候補で増加しています。1261の候補タンパク質には市販抗体があるタンパクも複数存在し、臨床で評価するための叩き台としてリストを整備したという意図があります。私のお仕事：バイオマーカー探索でも発現解析で得られたリストに対して、この候補タンパク質群のマッピングを行っています。